El 16 de junio de 1994, alrededor de las 9:30 de la mañana; Pfaff fue encontrada muerta por su amigo Paul Erickson. Estaba muerta en la bañera y había sufrido una sobredosis de heroína (esto último fue confirmado gracias a una autopsia). Eric Erlandson, el guitarrista de Hole, le comunicó a la vocalista Courtney Love la muerte de la bajista por teléfono. Con respecto a la muerte de Pfaff, Love, quien ya se encontraba de luto por la muerte de su marido, Kurt Cobain, y en mal estado producto de su adicción a las drogas, dijo lo siguiente después de la muerte de su compañera: «Parecía que nunca se iba a acabar, venía una detrás de otra. Era una gran artista y una gran amiga. Fue un asco.»
Kristen Pfaff fue enterrada en la Sección 6, Lote 45 en el Forest Lawn Cemetery, en Buffalo, Nueva York.